南方医科大学深圳医院是深圳市医疗卫生“三名工程”的重大项目，由深圳市政府按照三级甲等医院标准投资新建的市属公立医院，按照“管办分离”的模式委托南方医科大学管理，成为大学的第六所直属附属医院。